Science on Stage a évolué à partir de Physics on Stage, fondé en 1999 par le CERN, l’ESA et l’ESO pour mettre en place une semaine de la science et des technologies à partir de 2000. En 2000, 2002 et 2003 ont eu lieu trois festivals européens de Physics on Stage organisés par l’ESA avec les organismes européens de recherche des CERN, ESRF, EMBL, EFDA et ESO et un financement par la Commission Européenne.

En 2004 Science on Stage a été fondé sur le modèle de Physics on Stage en étendant l’accès aux enseignants de toutes les disciplines scientifiques et en reprenant le modèle des festivals permettant un partage de pratiques pédagogiques entre enseignants européens. Le premier festival Science on Stage eu lieu à Genève en 2005, suivis d’un festival à Grenoble en 2007.

A partir de 2008, la Commission Européenne a cessé de financer l’association qui s’est réorganisée autour de comités de gestion nationaux pour organiser de nouveaux festivals, dont celui de Berlin, avec le financement de Think ING qui a alors été le plus grand rassemblement européen d’enseignants de sciences.

En 2009, les 27 NSC (National Steering Committees) se sont réorganisés par le biais de sponsoring publics et privés pour organiser le festival de Copenhague (2011) avec l’aide du ministère de l’éducation danois.

Science on Stage Europe a vu le jour en 2011 sous la forme d’une association à but non lucratif, avec un siège situé à Berlin, pour centraliser les actions des NSC des pays membres. C’est sous cette forme juridique que l’association a pu organiser les festivals de 2013 à Slubicé (Pologne) avec un partenariat germano-polonais, puis en 2015 à Londres (Grande-Bretagne) et en 2017 à Debrecen (Hongrie).

Depuis 2016 des pays non européens peuvent rejoindre le réseau Science on Stage comme membre associés, ce qui a porté le nombre de pays participants à 32 au début de l’année 2017.

En septembre 2017, Science on Stage France, préalablement géré par Science à l’école puis par l’Université du Creusot, renaît sus forme d’une association loi 1901 hébergée et soutenue par l’École Normale de Lyon au sein de l’Université de Lyon.